主題歌の作曲を含め、音楽はもっぱら平尾昌晃が担当したが、中期?後期の一部の作品の主題歌は別の作曲家による。『商売人』と『富嶽百景』では平尾が一時、必殺から離れていたため、劇伴の音楽も含めて森田公一が、『うらごろし』では劇伴音楽を比呂公一（植木等の実息）が、主題歌を浜田省吾が担当した。後期では小坂明子（「あなた」で有名）、竜崎孝路、三木たかし、宇崎竜童、京本政樹、黒住憲五、浜圭介、たきのえいじ作曲の歌も主題歌・挿入歌に使われた。『仕事人・激突!』の主題歌で藤田まことが歌った「月が笑ってらぁ」は藤田主演の現代劇『はぐれ刑事純情派』の数多くの主題歌と同様、堀内孝雄の作曲。必殺よりは『はぐれ刑事純情派』のエンディングに近い味を出している。
後期では主題歌・挿入歌以外の新曲が作られることは少なくなり、劇伴音楽はそれ以前のシリーズからの流用を中心として不足分のみ新たに作曲するという手法が多くなっている。また、『渡し人』以降は、作品によっては中村啓二郎や京本政樹、大谷和夫らが新たに劇伴音楽を手掛けているが、いずれも映像にはクレジットされず、平尾の単独名義となっている。
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